
De Vwo-opleiding duurt na de brugklas vijf jaar en bereidt voor op het onderwijs aan een universiteit of hogeschool. Gymnasiasten volgen in klas 2 Latijn en in klas 3 ook Grieks. Zij doen in minstens één van deze talen examen. In klas 4, 5 en 6 worden de leerlingen opgeleid binnen de Tweede Fase. Op 1 augustus 2007 is de Tweede Fase herzien op de aspecten ‘keuzeverplichtingen' en onderwijsinhoud'. De vernieuwing is gestart in Havo 4 en Vwo 4 en groeit zo met de leerling mee. Een belangrijk kenmerk van de Tweede Fase is dat elke leerling een ‘profiel' kiest. Dit is een combinatie van bij elkaar horende vakken. Het Mollerlyceum Bergen op Zoom biedt alle profielen aan:
- Cultuur en Maatschappij (CM)
- Economie en Maatschappij (EM)
- Natuur en Gezondheid (NG)
- Natuur en Techniek (NT)
Bij de overgang van Vwo 3 naar 4 kiest een leerling met de introductie van de nieuwe Tweede Fase in augustus 2007 direct een volledig profiel. In de Tweede Fase (ook wel ‘studiehuis' genoemd) gaat een leerling steeds zelfstandiger werken en leert hij te kiezen. Zo leert hij bijv. onderwerpen selecteren en
verwerken, ook met behulp van computer en internet. Deze zelfstandigheid is een belangrijk aspect in de Tweede Fase. Natuurlijk speelt de docent een grote rol, maar anders dan vroeger. Hij stuurt en bewaakt nu het leerproces en coacht de leerling bij het zelfstandig zoeken van zijn eigen weg.